Tijdens de bezetting moet de rechterlijke macht een manier vinden om samen te werken met de Duitse autoriteiten. Door een politiek van het minste kwaad te voeren denkt de magistratuur de belangen van de bevolking zo goed mogelijk te kunnen beschermen. Toch blijkt het evenwicht met de bezettingsmacht op sommige punten zeer moeilijk, zeker wanneer de spanningen tussen de bezetter, de collaboratiepartijen en de bevolking steeds verder toenemen.
Voor de magistratuur is het belangrijk dat justitie zo goed mogelijk blijft functioneren en dat ze haar onafhankelijke positie kan bewaren. Ook voor de bezettingsmacht is het functioneren van de Belgische justitie heel belangrijk, omdat ze zelf niet over genoeg manschappen beschikt om de openbare orde te handhaven. De Duitse autoriteiten houden dan ook nauwgezet toezicht op de werking van justitie. De onafhankelijkheid van de Belgische justitie is voor hen minder belangrijk.
Het verschillende belang dat de Belgische rechterlijke macht en de Duitse bezetter hechten aan die onafhankelijkheid leidt, net als tijdens de Eerste Wereldoorlog, meermaals tot grote conflicten. In 1942 komt het twee keer tot een ware crisis in de relatie tussen de magistratuur en de bezettingsmacht. Beide conflicten draaien om de bevoegdheid van de secretarissen-generaal.
Op een ander punt houdt de magistratuur wel haar voet stijf om haar onafhankelijkheid af te dwingen. Deze kwestie draait om de taakverdeling tussen de Belgische en Duitse justitie, met andere woorden: welke politiediensten en rechtbanken vervolgen en berechten welke misdrijven? Aan het begin van de bezetting is afgesproken dat de Duitse justitie alle tegen de bezettingsmacht gerichte misdrijven voor haar rekening neemt en de Belgische justitie de rest doet.
Wanneer het geweld tegen collaborateurs door het verzet toeneemt, blijkt die taakverdeling te vaag. De bezettingsmacht eist dat de Belgische politie verzetsmensen opspoort die aanslagen plegen op collaborateurs, maar de magistraten vrezen zo een instrument van de Duitse repressie te worden. Omdat de bezettingsmacht niet wil toegeven, saboteren sommige magistraten en medewerkers van de politie de onderzoeken, zodat de daders nooit worden gevonden. Zo slaagt de rechterlijke macht erin haar wil door te drijven zonder het conflict op de spits te drijven.
Gotovitch, José. Note Relative à La Magistrature Sous l’occupation. Notes de Travail 5. Bruxelles: Centre de recherches et d’Etudes Historiques de la seconde guerre mondiale, 1972.
Louveaux, Charles. “La Magistrature Dans La Tourmente Des Années 1940-1944.” Revue Du Droit Pénal et de Criminologie, no. 61 (1981): 620–65.
Wouters, Nico. De Führerstaat: Overheid En Collaboratie in België (1940-1944). Tielt: Lannoo, 2006.
Zurné, Jan Julia. “‘Een Buitengewoon Verontrustend Gewetensprobleem’. De Belgische Magistratuur En Door Verzetsgropen Gepleegd Geweld Tegen Collaborateurs 1940-1950.” Ph.D. Thesis, Universiteit Gent, 2016.
